【佳学基因检测】基因检测数据库中的新发突变数据库denovo-db

人类基因检测数据库导读：

全外显子组和全基因组测序及其与基因解码的联合应用促进了可以导致疾病发生的大量新发突变的发现。在基因解码技术引入的最实阶段，通过下一代测序进行的大多数从头发现都集中在先天性心脏病和神经发育障碍 (NDD) 上。 根据《人类基因序列变化及其疾病表征》的大数据分析，从头变异是神经发育障碍 (NDD) 最重要的风险因素之一，涉及多个神经发育障碍 (NDD) 的基因中的相互重叠。为了促进更好地使用已发布的数据、提供注释的标准化并提高可访问性，国际基因解码学家创建了 denovo-db (http://denovo-db.gs.washington.edu)，这是一个人类从头变异的数据库。 截至 2016 年 7 月，denovo-db 包含 40 项不同的研究和来自 23,098 个基因检测人联组的 32,991 个新发基因突变。 数据库收录的基本信息包括基本变异染色体位置、变化、类型； 转录本和蛋白质水平的详细注释； 严重性分数； 频率; 验证状态； 最重要的是，携带有这些基因突变的患者的临床物征。 该数据库提供了从网页上下载数据的，可以下载任何查询结果，包括带有基因突变详细信息的完整数据库的可下载文件。 denovo-db 为研究人员提供了必要的信息，可以将他们的数据与具有相同表型的其他个体进行比较，也可以与对照进行比较，从而更好地了解 de novo 变异的生物学特性及其对疾病的贡献。

denovo-db数据库的官方介绍

denovo-db是一个从人类基因组胚系突变中鉴定的新发突变数据库。新发突变是只存在于儿童，但是不存在于儿童的生物学父母的基因突变。新发突变一般来说是在胚胎发育过程中产生的突变。

随着全外显子组和全基因组测序的进步，将会有更多的新发突变被收录。现有的新发突位点是根据已发表的基因检测文献收录的。

许多大型外显子组和基因组研究都集中在神经发育障碍上，但是denovo-db不仅收录新发突变，也收录其他基因突变所引起的疾病表征。

denovo-db 中存在的信息类型已经过改进，包括与遗传和基因信息研究高度相关的内容（例如基本功能注释、CADD 分数和验证状态）。

设立denovo-db数据库的目标是提供所有从头变体的介绍，以使更大的研究人员社区受益，并允许研究人员提出各种科学问题，例如：

1. 人类基因组中的哪些位点具有新生突变？

2. 哪些位点对从头突变高度易变？

3. 新生变异的一般特征和疾病特征是什么？

4. de novo 变异代表了哪些表型？

为什么要建立de novo基因检测数据库？

每个人都包含其父母中都不存在的新的基因突变，这些变体被称为从头突变、新发突变或者是从头变体、新发变体。 根据基因解码的大数据分析在每一个基因组中有大约 70 个从头单核苷酸变异和小插入/缺失 (indel)。大多数这些突变并没有明显的表型影响，但在某些情况下这些从头变异会导致疾病。 其中的一个例子是在FGFR3 中发生的突变，可以导致软骨发育不全和 Rett 综合征。在大多数情况下，变异在 MECP2 中重新出现。 随着下一代测序通过全外显子组或全基因组测序研究人类基因的完整补充，研究人员正在更清楚地了解这些变异对“复杂”疾病（如自闭症和 精神分裂症 ）发生的影响。 例如，在自闭症中，新生单核苷酸变异和插入缺失占可归因分数的 7%，占该疾病单纯病例的 21%。 还注意到具有导致多种神经发育障碍 (NDD) 的新生变异的基因之间存在相当大的重叠。

虽然有关致病性新生突变的基因解码研究目前主要存在于神经系统疾病和先天性心脏病，但其他表型也积累了少量的例例。 随着全基因测序技术、全外显子组测序技术及更先进的基在解码应用于其他障碍和疾病，人类基因检测数据库会积累更的突变位点与基因序列的关系。 denovo-db 的设计目标是整合所有已发布的 de novo 种系变异，无论表型如何，并使用标准化分析流程进行系统注释。 这为基因解码提供了一个一站式获取临床数据的机会，用于评估特定基因或突变与其感兴趣的表型相关的重要性。 然后，研究人员可以提出与疾病相关的问题，例如使用 denovolyzeR等工具，在基因中观察到的新生变异的数量是否具有统计学意义，或者可以询问在基因中观察到的变异是否跨越许多根据使用 CLUMP 等工具的对照数据，个体在疾病中的聚集程度要高于预期。 研究人员还可以通过在许多个体中收集的新发变异模式提出与疾病无关的问题，这可能为人类基因组中新突变的生物学提供新的见解。 因此，denovo-db 为有关从头突变的特定和一般分析提供了资源。

新发突变数据库的创新性

根据基因检测数据库，目前已有的数据库有两个类似于 denovo-db 的数据库。 这两个数据库都专注于神经疾病障碍，与denovo-db新发突变数据库不同，这些数据库只收集有关从头变异的信息，而不考虑表型。 比如 NPdenovo，它只收集与神经疾病有关的相关的新发变异。 denovo-db 数据的收集不限制在神经精神疾病。 第二个是发育性脑障碍 (DBD) 基因数据库，它收集有关发育性脑障碍变异的信息。 特别是，它只保留 LGD 事件，例如剪接供体、剪接受体、停止增益和移码突变。 该数据库提供每个基因与神经系统疾病的相关性。 从头突变数据库的不同之处在于收集新变体的变异，而不考虑表型和功能类别。 denovo-db 旨在成为所有 de novo 变体的简单介绍，并且不会对研究人员对数据的使用做出任何假设。

佳学博士基础知识介绍：什么是新发突变（de novo mutation)?

新发突变（de novo mutation）是指在生殖细胞分裂过程中发生的、没有继承自父母的新突变。这种突变通常发生在生殖细胞的分裂过程中，可能由于DNA复制错误、环境因素、化学物质等原因引起。这种突变将在后代个体的所有细胞中存在，并且可以对其发育、健康和疾病风险产生影响。

在人类基因组研究中，新发突变也被称为“新基因突变”或“新生代突变”，通常被用于解释遗传疾病的发生和遗传模式的解释。新发突变在人类基因组中很常见，并且可以对某些疾病的发生起到重要作用，例如自闭症和智力障碍等。