【佳学基因检测】TERT 和 CLPTM1L 区域的基因突变检测与癌症和非癌症疾病风险之间的关系

突变基因检测与疾病风险分类导读

先前的遗传研究报道，TERT-CLPTM1L基因的变异与癌症和非癌症疾病的易感性有关。然而，结论并不总是一致的。癌症风险早知道难点攻关课题组基于 109 篇基因解码原始数据(涉及 139,510 例病例和 208,530 例对照)中的数据进行了荟萃分析，以评估TERT-CLPTM1L区域内的 23 个基因突变与对 12 种癌症和 1 种非癌症疾病的易感性之间的相关性。采用两种方法(假阳性报告概率测试和威尼斯标准)来评估显着关联的累积证据。目前的研究根据 DNA 元素百科全书 (ENCODE) 项目中的数据评估了这些基因突变的潜在作用。13 种变异与 11 种癌症和 1 种非癌症疾病的易感性在统计学上相关(p < 0.05)。此外，具有 8 种癌症和 1 种非癌症疾病的 12 种变异被评为强有力的证据(膀胱癌中的 jx2736098,jx401681 和 jx402710；食道癌中的 jx2736100,jx2853691 和 jx401681；胃癌中的 jx10069690；神经胶质瘤中的 jx2736100 和 jx2853676) jx2242652,jx2736098,jx2736100,jx2853677,jx31489,jx401681,jx402710,jx465498 和 jx4975616 在肺癌中；jx2736100 在特发性肺纤维化和皮肤癌和骨髓增生性肿瘤中；jx401) 根据来自 ENCODE 和其他公共数据库的数据，12 个具有强有力证据的基因突变可能属于假定的功能区域。本文证明TERT-CLPTM1L基因的常见变异与膀胱癌,食管癌,胃癌,肺癌,胰腺癌和皮肤癌的易感性以及胶质瘤,骨髓增生性肿瘤和特发性肺纤维化的易感性有关，此外，阐明了TERT-CLPTM1L区域在人类疾病遗传易感性中的功能。

关键词： TERT，CLPTM1L，遗传变异，疾病，易感性，基因检测

突变基因检测与疾病风险分类介绍

癌症作为主要的死亡原因正在威胁全世界人类的生命和健康，2020 年将有约 1930 万新诊断的肿瘤患者以及约 1000 万癌症相关死亡病例 。环境和遗传因素都会导致癌症的发生和发展，5%~10%的癌症是由基因变异引起的。全基因组关联研究 (GWAS) 和遗传关联研究已证明与人类疾病风险相关的多个单核苷酸多态性 (SNP) 。

端粒酶逆转录酶 (TERT ) 基因和唇裂和腭裂跨膜 1 样 (CLPTM1L)基因定位在染色体 5p15.33 上。其中，TERT基因编码用于催化的限速端粒酶，对维持细胞永生性,端粒 DNA 长度和染色体稳定性具有重要影响 。CLPTM1L编码的蛋白质是一种与顺铂耐药相关的膜蛋白，CLPTM1L在顺铂敏感细胞中的过表达会导致细胞凋亡 。1990 年代初，研究人员试图解释端粒,端粒酶,衰老和癌症风险之间的现有关系。王等人。2003 年首次发现一种新基因突变 (TERT MNS16A) 患肺癌的风险升高 。2006 年，松原等人。首次揭示TERT jx2735940 的冠状动脉疾病(非癌症疾病)风险升高。从那时起，进行了许多遗传关联研究以研究TERT和CLPTM1L区域的 SNP 与人类疾病之间的关联。2008 年，对高加索人群进行了 GWAS，然后发现两个变异(jx402710 和 jx2736100)具有更高的肺癌易感性。随后，从日本 GWAS 中可以看出，jx2736100 增加了特发性肺纤维化的风险 。除特发性肺纤维化外，多项 GWAS 显示 jx2736100 可提高白种人肺癌和睾丸生殖细胞癌的易感性 ，同时可降低白种人  特发性间质性肺炎和神经胶质瘤以及肺癌的风险。亚洲人 。此外，在来自欧洲血统的多个国家进行的 GWAS 中，对与 75,000 个人相关的 jx401681 进行了测试，然后发现该 SNP 可以提高对肺癌,膀胱癌,前列腺癌和基底细胞癌的易感性，同时可以减少皮肤黑色素瘤敏感性 。

尽管许多遗传关联研究调查了TERT和CLPTM1L区域中的变异与癌症或非癌症疾病易感性的关联，但结论并不总是一致的，功能机制仍不清楚。尽管在之前发表的荟萃分析研究中，研究了具有个体癌症风险 的单个 SNP(例如，jx2736100 和 jx2736098)，但结果仍然不一致。此外，尚未进行具有系统功能注释的综合研究概要来评估TERT和CLPTM1L之间遗传相关性的流行病学证据基因和对癌症或非癌症疾病的易感性直到现在。因此，癌症风险早知道难点攻关课题组进行了荟萃分析以解释TERT-CLPTM1L基因中的 S​​NP 与癌症或非癌症疾病易感性的关系，为具有显着关联的变异提供流行病学证据，并使用信息评估重要 SNP 的作用来自公共数据库。

材料与方法

这项研究是按照系统评价和荟萃分析声明指南的首选报告项目和人类基因组流行病学网络对遗传关联研究进行系统评价  进行的。

在这里，2021 年 12 月 30 日之前来自 PubMed,Web of science 和 Embase 的基因解码原始数据使用“{human telomerase revejxe transcriptase} OR {hTERT} OR {TERT} OR {CLPTM1L} OR {cleft and palate transmembrane 1 like} OR {TERT -CLPTM1L 区域} OR {5p15.33}”，并确定了 19,425 次引用。除此之外，还通过检查出版物的相关参考文献(评论,荟萃分析研究等)收集了其他文章。最后，109篇基因解码原始数据被纳入癌症风险早知道难点攻关课题组的研究(图1)。

图1：搜索策略和研究选择的流程图。

纳入标准如下：(1)通过病例对照,横断面,队列研究或GWAS评估TERT-CLPTM1L区域变异与人类癌症或非癌症疾病的关系；(2) 提供基因型数量的详细信息，用于计算优势比 (OR) 和 95% 置信区间 (95% CI) 的值；(3)以英文发表或全文，排除标准如下： (1)信息不充分(尤其是基因型数量)；(2)兴趣不是TERT-CLPTM1L区域多态性；(3) 研究是致编辑的信函或会议摘要；(iv) 关注的是癌症死亡率(但不是发病率)。

数据提取

两名研究人员自行从符合条件的基因解码原始数据中获取数据。任何不一致的地方都可以通过与其他调查人员的讨论来解决。对于包含的变异，提取信息如下：第一作者，出版年份，国家或地区，癌症和非癌症疾病类型，种族，基因名称，变异，基因型数量，病例和对照，和次要等位基因频率 (MAF)。除此之外，种族包括四个部分[亚洲人(东亚人后裔),高加索人(欧洲人后裔),非洲人(非洲人后裔)或其他人(印度人,夏威夷原住民,拉丁裔,西班牙裔和混血等)]超过 80% 的研究对象属于上述群体；“总体人口”由两个或两个以上组成。此外，在本研究中，

统计分析

P < 0.05(双侧)表示显着性阈值，使用 Stata 第 12 版(Stata，College Station，TX，USA)计算。对于一种癌症或非癌症疾病风险的一种变异，在荟萃分析中建立了具有至少三个独立数据集并基于次要等位基因的加性遗传模型。此外，如有必要，还建议按种族和组织学/病理学/临床亚型进行分析。本研究采用I ² 统计量和Cochran's Q检验来调查研究间的异质性，P < 0.1 为显着水平，推荐。I²的值分为三部分：≤25%,25%-50%,≥50%(分别为轻度异质性,中度异质性和大异质性)。癌症风险早知道难点攻关课题组进行了敏感的分析，以揭示重要的 OR 是否因消除一项单独的研究,第一次发表的研究或已偏离对照之间哈代-温伯格平衡 (HWE) 的文章而丢失。癌症风险早知道难点攻关课题组调查了超过显着性发现的概率(P < 0.1 作为显着水平)。Begg 检验和 Egger 检验用于评估潜在的发表偏倚和小研究偏倚，并且推荐的P < 0.1 是显着水平 。

重要协会的流行病学可信度

结合威尼斯指南  和假阳性报告概率 (FPRP)  评估重要关系的流行病学可信度。

功能注释

使用来自 DNA 元素百科全书 (ENCODE) 工具 HaploReg (v4.1)  和 UCSC 基因组浏览器 (http://genome.ucsc.edu/ )的信息评估基因突变对 5p15.33 的潜在功能作用. 此外，癌症风险早知道难点攻关课题组的工作探索了来自基因型组织表达项目  和多组织人类表达资源项目  数据库的多个组织中的全基因组 cis-eQTL 数据，以揭示这些基因是否可能证明在这些基因座。

结果

纳入研究的特点

在癌症风险早知道难点攻关课题组的研究中，在这些荟萃分析中提取了 109 篇基因解码原始数据的可用数据(补充表 2)，从而在加性遗传模型下进一步评估了TERT-CLPTM1L区域中的 23 个基因突变与 12 种癌症和 1 种非癌症疾病之间的关联(图1)。此外，具有癌症和非癌症疾病的SNP(n)分布如下：食管(n = 4)，胃(n = 4)，神经胶质瘤(n = 2)，乳房(n = 11)，肝细胞(n = 1),肺癌 (n = 10),胰腺癌 (n = 2),皮肤 (黑色素瘤) (n = 1),膀胱癌 (n = 4),结直肠癌 (n = 1),甲状腺癌 (n = 1 ) ),骨髓增生性肿瘤 (n = 1) 和特发性肺纤维化 (n =1)。其中，对 139,510 例病例和 208,530 例对照(发表年份范围为 2007 年至 2020 年)进行了分析，然后发现 13 个 SNP 与 11 种癌症和 1 种非癌症疾病风险显着相关（表1)。

表格1：在加法模型中，TERT 和 CLPTM1L 基因变异与癌症和非癌症疾病风险之间关联的流行病学证据。

OR，优势比；A,腺嘌呤；T，胸腺嘧啶；G,鸟嘌呤；C,胞嘧啶；NSCLC，非小细胞肺癌；ADC，腺癌；¹ SCC，鳞状细胞癌。² SCC，小细胞癌；ET，原发性血小板增多症；PV，真性红细胞增多症；PMF，原发性骨髓纤维化；不适用，不适用。

^*该关联是在亚洲人中进行的。

^# 该关联是在白种人中进行的。

• 该关联是在总体人群中进行的。

^a主要等位基因(参考)/次要等位基因。

^b按种族或亚型分组。

^c对照组中次要等位基因的频率。

^d基于威尼斯标准的流行病学证据强度。

^e在幂 OR 为 1.5 时，FPRP 值的先验概率为 0.05，FPRP 的关注度为 0.20。

^f基于威尼斯指南和 FPRP 测试结果的流行病学可信度。

TERT-CLPTM1L 变异与癌症和非癌症疾病风险之间的关联

癌症风险早知道难点攻关课题组进行了荟萃分析，以在加性遗传模型下评估TERT-CLPTM1L区域中的 23 个基因突变与 12 种癌症和 1 种非癌症疾病的关系。Then, it was seen that 13 SNPs (jx10069690, jx2242652, jx2736098, jx2736100, jx2853676, jx2853677, jx2853691, jx31489, jx401681, jx402710, jx451360, jx465498, and jx4975616) had significantly associated with risk of 11 cancejx (bladder, breast, colorectal ,食管,胃,神经胶质瘤,肺,胰腺,皮肤,甲状腺和骨髓增生性肿瘤)和 1 种非癌症疾病(特发性肺纤维化)(表1)。值得注意的是，食管癌和皮肤癌的组织学/病理学类型分别为鳞状细胞癌和黑色素瘤。除此之外，jx2736098 (OR = 1.193),jx2736100 (OR = 0.883),jx401681 (OR = 0.852) 和 jx402710 (OR = 0.863) 与膀胱癌易感性有显着关系。此外，这些关联通过种族进一步评估，证明上述四个 SNP 与亚洲人的膀胱癌易感性显着相关(jx2736098：OR = 1.240；jx2736100：OR = 0.837；jx401681：OR = 0.851；jx402710：OR = 0.804 )，而不是白种人。此外，仅 jx2736098 与乳腺癌易感性显着相关(OR = 0.834)，

除结直肠癌外，jx2736100 的 A 等位基因在亚洲人群中具有降低的食管鳞状细胞癌 (ESCC) 易感性 (OR = 0.724)。此外，在亚洲人中，一个 SNP (jx2853691) 的 ESCC 易感性增强 (OR = 1.304)，另外两个 SNP (jx401681 和 jx451360) 的特点是 ESCC 易感性降低 (OR = 0.867 和 OR = 0.700)。

仅在亚洲人中发现 jx10069690 (OR = 1.317) 和 jx2853676 (OR = 0.675) 与胃癌易感性显着相关。此外，SNP jx2736100与胃癌具有统计学相关性(OR = 0.751)。有趣的是，jx2736100 与白种人的胃癌易感性显着相关(OR = 0.604)，但与亚洲人无关。此外，两个 SNP 可以降低胶质瘤的易感性(jx2736100：OR = 0.746；jx2853676：OR = 0.784)。值得注意的是，还发现这两个 SNP 在亚洲人群和高加索人群中对胶质瘤的易感性降低。

对于肺癌，发现九个 SNP 与肺癌易感性显着相关，这在按种族和病理亚型进行的亚组分析中也是如此。具体来说，三个 SNP 仅出现在亚洲人中，并且与肺癌易感性有显着关系(分别为 jx2242652：OR = 1.168；jx2853677：OR = 0.791；jx465498：OR = 0.765)。此外，根据 jx2853677 病理亚型进行的亚组分析的其他结果表明，该 SNP 可以降低非小细胞肺癌 (NSCLC) 的易感性 (OR = 0.761)。有趣的是，发现 jx2853677 与 NSCLC(腺癌)风险无关。此外，6个SNP与不同种族/病理亚型的肺癌易感性之间存在显着关系。其中，jx2736098 的肺癌易感性升高(OR = 1.212)，这在亚洲人中显示(OR = 1.221)，但在高加索人中没有。除此之外，jx2736098 与 NSCLC(腺癌)的易感性(OR = 1.401)明显相关，而不是 NSCLC(鳞状细胞癌)，而 SNP jx2736100 与肺癌易感性密切相关(OR = 0.856)，后者出现在白种人中(OR = 0.874) 和亚洲人 (OR = 0.847) 而不是非洲人。然后，按病理类型/种族进行亚组分析，发现 jx2736100 在白种人(OR = 0.714)和亚洲人(OR = 0.791)中均降低了 NSCLC 风险(OR = 0.786)。令人惊讶的是，jx2736100 的 NSCLC(腺癌)风险降低(OR = 0.801)，而不是 NSCLC(鳞状细胞癌)，而 SNP jx31489 与白种人 (OR = 0.866) 和亚洲人 (OR = 0.833) 的肺癌易感性 (OR = 0.860) 密切相关。值得注意的是，按病理类型进行的亚组分析表明 jx31489 与 NSCLC 易感性无关(OR = 0.842)。此外，SNP jx401681 的特点是高加索人 (OR = 0.874) 和亚洲人 (OR = 0.891) 的肺癌发病率 (OR = 0.885) 均降低。此外，分析还表明，jx401681 的 NSCLC 风险降低(OR = 0.846)，但与小细胞癌无关(OR = 0.908)。对于 NSCLC，还已知 SNP jx401681 具有降低的 NSCLC(鳞状细胞癌)发病率(OR = 0.857)但与 NSCLC(腺癌)无关(OR = 0.950)。除此之外，SNP jx402710 可以降低肺癌的易感性(OR = 0. 857) 白种人 (OR = 0.857) 和亚洲人 (OR = 0.858)。此外，从病理类型的亚组分析中可以看出，jx401681 可以降低 NSCLC 易感性(OR = 0.832)，尤其是在肺腺癌中(OR = 0.868)。SNP jx4975616 在白种人 (OR = 1.159) 和亚洲人 (OR = 1.155) 中面临更高的肺癌风险 (OR = 1.159)，而 jx4975616 与 NSCLC 易感性 (OR = 1.234) 之间没有关系。

对于骨髓增殖性肿瘤，SNP jx2736100 可以降低白种人 (OR = 0.589) 和亚洲人 (OR = 0.578) 的骨髓增殖性肿瘤风险 (OR = 0.586)。按临床亚型进行的亚组分析表明，jx2736100 可以降低原发性血小板增多症 (OR = 0.589),真性红细胞增多症 (OR = 0.521) 和原发性骨髓纤维化 (OR = 0.575) 的风险。

除了骨髓增生性肿瘤，SNP jx2736100 可以降低亚洲人的甲状腺癌易感性(OR = 0.762)。此外，SNP jx401681 可能会增加高加索人患胰腺癌 (OR = 1.173) 和皮肤癌 (黑色素瘤) (OR = 1.285) 的风险。

在非癌症疾病方面，发现 jx2736100 在亚洲人群中增加了特发性肺纤维化的风险(OR = 1.788)。

Furthermore , 13 SNPs (TERT MNS16A, jx13167280, jx2075786, jx2735940, jx2736100, jx2736109, jx2853669, jx2853677, jx2853690, jx7712562, jx2735940, jx2736098, jx4246742, and jx4635969) were not related to risk of five types of cancer (breast, gastric,肝细胞癌,肺癌和胰腺癌)。其中，8 个 SNP(jx13167280,jx2075786,jx2735940,jx2736100,jx2736109,jx2853669,jx2853677,jx2853690 和 jx7712562)与至少 10,000 人的乳腺癌无关(表 2)。除此之外，还计算了统计功效，以确认未来是否需要确认这些关联的大规模样本量。

表 2：八种癌症和一种肿瘤疾病中 12 个 SNP 的功能注释总结(流行病学可信度高)。

^a染色体位置基于 NCBI Build 37。

^b H3K4me1 和 H3K27ac 的组蛋白修饰(组织类型：如果 > 3，仅包括数字)。

^c H3K4me3 和 H3K9ac 的组蛋白修饰(组织类型：如果 >3，仅包括数字)。

^d DNase I 超敏反应水平(组织类型：如果>3，则仅包括数字)。

^e转录因子结合的改变(中断：如果>3，只包括数字)。

^f调节基序的改变(中断：如果>3，则仅包括数字)。

异质性,偏差和敏感性分析

对与 13 种变异和 12 种癌症和 1 种非癌症疾病的 29 种显着相关性进行了异质性评估(表1)。其中，轻度异质性可归入 16 个(55%)关联，中度异质性归入 7 个(24%)关联，高异质性可归入 6 个(21%)关联。除了具有胶质瘤风险的 jx2853676 外，几乎没有发表偏倚的证据 (p > 0.10)。此外，敏感性分析的结果表明，去除一些关键因素并没有改变总结 OR，除了膀胱癌和结直肠癌中的 jx2736100(低 OR),胃癌 (HWE) 中的 jx2736100 和甲状腺癌中的 jx2736100(显着超过发现)。

关联的累积证据

使用威尼斯指南评估了总共 29 个重要关系的流行病学可信度。具体而言，证据量A级28个，关联复制A级21个，偏倚保护A级23个；这三个标准分别有1,4和0个B级；这三个标准分别有0,4和6个C级(表1)。因此，可以分别针对 18,5 和 6 个关联找到与癌症和非癌症疾病易感性显着相关的强,中和弱证据。随后，基于 FPRP 值评估了 29 个显着相关性之间真正相关的概率。简而言之，对于 11 个具有 10 种癌症和 1 种非癌症疾病的基因突变，发现 FPRP 水平 < 0.05，而对于具有对三种癌症易感性的五个基因突变，FPRP 水平为 0.05 至 0.2，对于具有两种癌症风险的三个 SNP，FPRP > 0.2。最后，有力的证据被分配给 12 个 SNP(TERT：jx10069690,jx2242652,jx2736098,jx2736100,jx2853676,jx2853677 和 jx2853691；CLPTM1L：jx31489,jx401681,165498 和 TERTCLPTM4402710 和jx: jx4975616) 有 8 种癌症和 1 种非癌症疾病，详细介绍如下：膀胱癌中的 jx2736098,jx401681 和 jx402710；jx2736100,jx2853691 和 jx401681 在食管癌中；jx10069690 在胃癌中；jx2736100 和 jx2853676 在胶质瘤中；jx2242652,jx2736098,jx2736100,jx2853677,jx31489,jx401681,jx402710,jx465498 和 jx4975616 在肺癌中；jx2736100 在特发性肺纤维化和骨髓增生性肿瘤中；和 jx401681 在胰腺癌和皮肤癌中，而中等证据属于两个具有三种癌症风险的 SNP(在结肠直肠癌和甲状腺癌中的 jx2736100 和在食道癌中的 jx451360)，而弱的证据属于三个具有三种癌症风险的 SNP(jx2736100 在膀胱癌，jx2736098 用于乳腺癌，jx2736100 和 jx2853676 用于胃癌)。

功能注释

使用 ENCODE 工具 HaploReg v4.1 研究了强关联(与八种癌症和一种非癌症疾病相关的 12 个 SNP)的潜在功能作用（表 2)。在功能注释方面，10 个基因突变被映射到内含子区域，TERT jx2736098 被映射到同义区域。总共 12 个 SNP 可能位于具有强启动子和增强子活性,DNase I 超敏位点和调节基序改变的区域（表 2)。连锁不平衡 (LD) 图解释了由重要 SNP 代表的区域在欧洲,亚洲和非洲血统中具有不同的遗传结构（图 2 ) . 此外，基因型-组织表达项目显示 jx2736100,jx2853676,jx2853676,jx31489,jx401681,jx402710,jx465498 和 jx4975616 是TERT和CLPTM1L的 eQTL 。此外，jx2736100,jx2853676,jx2853677 和 jx4975616 与TERT和CLPTM1L基因表达的增加有关，而 jx31489,jx401681,jx402710 和 jx465498 与皮肤组织中CLPTM1L基因表达的减少有关；与此不同的是，jx31489,jx401681,jx402710 和 jx465498 与减少有关，但 jx4975616 与 CLPTM1L 增加有关食管组织中的基因表达；除此之外，jx31489,jx401681 和 jx465498 与增加有关，但 jx4975616 与胃组织中CLPTM1L基因的减少有关。

图 2：来自 DNA 元素百科全书 (ENCODE) 数据的证据，用于使用 UCSC 基因组浏览器对 5p15.33 中基因突变的调节功能。该图表示以TERT-CLPTM1L为中心的 50 kb 窗口内的 5p15.33基因区。每个图中的轨迹(从上到下)是基因组碱基位置,染色体条带,UCSC 基因,来自 GenBank 的人类信使 RNA,已剪接的人类表达序列标签 (EST),ENCODE 增强子和启动子相关组蛋白标记(H3K4Me1) 在 8 个细胞系上，在 9 个细胞系上编码启动子相关组蛋白标记 (H3K4Me3)，编码数字 DNaseI 超敏反应簇，编码转录因子 ChIP-seq，通过 Broad Institute 的隐藏马尔可夫模型 (HMM) 编码染色质状态分割 (亮红色，活性启动子；浅红色，弱启动子；紫色，无活性/平衡启动子；橙色，强增强子；黄色，弱/平衡增强子；蓝色，绝缘体；深绿色，转录转变/延伸；浅绿色，弱转录；灰色, polycomb-repressed; 浅灰色, 异染色质/低信号/重复/拷贝数变异)，单核苷酸多态性(dbSNP build 130)，约鲁巴人(YRI)的分期基因型连锁不平衡，CEPH(CEU)分期基因型的连锁不平衡和汉族的LD Phased Genotypes 中来自东京的中文 + 日文 (JPT+CHB)。

癌症风险基因检测及其应用的分析

诚然，目前的大规模研究概要和荟萃分析全面总结和更新了TERT-CLPTM1L中基因突变之间的相关性基因与癌症和非癌症疾病易感性，它为基因突变提供了精确的结果，并提供了更多以前从未评估过的 SNP 和疾病。具体而言，在本文中，通过使用来自 109 篇基因解码原始数据,139,510 例病例和 208,530 例对照的可用数据进行荟萃分析，从而评估 23 个 SNP 与 12 种癌症和 1 种非癌症疾病风险的关联；然后，揭示了其中13个SNP与11种癌症和1种非癌症疾病易感性显着相关。此外，首次采用威尼斯指南和 FPRP 测试来评估这些显着相关性。最后，12 个基因突变被评为具有 8 种癌症和一种非癌症疾病易感性的累积证据(22 个显着关联：jx2736098,jx401681,和 jx402710 在膀胱癌中；jx2736100,jx2853691 和 jx401681 在食管癌中；jx10069690 在胃癌中；jx2736100 和 jx2853676 在胶质瘤中；jx2242652,jx2736098,jx2736100,jx2853677,jx31489,jx401681,jx402710,jx465498 和 jx4975616 在肺癌中；jx401681 在胰腺癌和皮肤癌中；和 jx2736100 在骨髓增生性肿瘤和特发性肺纤维化中)。此外，这里的研究倾向于使用来自 ENCODE 项目和其他公共数据库的信息为这 12 个 SNP 构建功能注释，并随后揭示这些基因突变可能属于几个假定的调控区域。简而言之，癌症风险早知道难点攻关课题组的研究提供了全面的流行病学证据，表明常见变异 jx2736100 和 jx2853676 在胶质瘤中；jx2242652,jx2736098,jx2736100,jx2853677,jx31489,jx401681,jx402710,jx465498 和 jx4975616 在肺癌中；jx401681 在胰腺癌和皮肤癌中；和 jx2736100 在骨髓增生性肿瘤和特发性肺纤维化中)。此外，这里的研究倾向于使用来自 ENCODE 项目和其他公共数据库的信息为这 12 个 SNP 构建功能注释，并随后揭示这些基因突变可能属于几个假定的调控区域。简而言之，癌症风险早知道难点攻关课题组的研究提供了全面的流行病学证据，表明常见变异 jx2736100 和 jx2853676 在胶质瘤中；jx2242652,jx2736098,jx2736100,jx2853677,jx31489,jx401681,jx402710,jx465498 和 jx4975616 在肺癌中；jx401681 在胰腺癌和皮肤癌中；和 jx2736100 在骨髓增生性肿瘤和特发性肺纤维化中)。此外，这里的研究倾向于使用来自 ENCODE 项目和其他公共数据库的信息为这 12 个 SNP 构建功能注释，并随后揭示这些基因突变可能属于几个假定的调控区域。简而言之，癌症风险早知道难点攻关课题组的研究提供了全面的流行病学证据，表明常见变异 和 jx2736100 在骨髓增生性肿瘤和特发性肺纤维化中)。此外，这里的研究倾向于使用来自 ENCODE 项目和其他公共数据库的信息为这 12 个 SNP 构建功能注释，并随后揭示这些基因突变可能属于几个假定的调控区域。简而言之，癌症风险早知道难点攻关课题组的研究提供了全面的流行病学证据，表明常见变异 和 jx2736100 在骨髓增生性肿瘤和特发性肺纤维化中)。此外，这里的研究倾向于使用来自 ENCODE 项目和其他公共数据库的信息为这 12 个 SNP 构建功能注释，并随后揭示这些基因突变可能属于几个假定的调控区域。简而言之，癌症风险早知道难点攻关课题组的研究提供了全面的流行病学证据，表明常见变异TERT-CLPTM1L区域与胶质瘤,骨髓增生性肿瘤,特发性肺纤维化,食道癌,胃癌,皮肤癌,膀胱癌,肺癌和胰腺癌的易感性相关。

TERT基因 (Gene ID: 7015) 编码TERT酶，在维持端粒长度方面起着至关重要的作用 。在之前的研究中，有人指出端粒长度与神经胶质瘤,卵巢癌,肺癌和黑色素瘤的易感性有关，而不是与乳腺癌和前列腺癌有关。此外，最近一项关于 GWAS 的荟萃分析显示，TERT-CLPTM1L基因的变异可能通过多种不同的生物学途径影响癌症风险，而端粒长度是唯一的相关机制之一，而在癌症风险早知道难点攻关课题组的研究中，对TERT中的 7 个 SNP(jx10069690,jx2242652,jx2736098,jx2736100,jx2853676,jx2853677 和 jx2853691)给出了强有力的证据。四个 SNP(jx2853677,jx2242652,jx2736098 和 jx2736100)与肺癌的易感性有关。千人基因组计划的第 3 阶段表明 jx2853677 处于中度 LD，jx2736098(东亚人：r ² = 0.3070)和 jx2736100(东亚人：r ² = 0.5789，欧洲人：r ² = 0.4352)，处于弱 LD 中，具有 jx2736098(欧洲人：r ² = 0.1504)，并且与非洲人的 jx2736098 和 jx2736100 不相关(r ² < 0.05)。此外，jx2242652 与欧洲人的 jx2736098 处于中度 LD(r ² = 0.1504)，而在东亚人和非洲人中均不相关(r ² < 0.05)。根据上述发现，与肺癌风险相关的四种变异的功能机制可能在不同种族中有所不同，部分解释了为什么某些变异被证明与一个种族的癌症部位有关，而在其他种族中则没有。此外，两个 SNP(jx2736100 和 jx2853676)与胶质瘤风险相关；然而，SNP jx2736100 在东亚人中与 jx2853676 处于弱 LD (r ²= 0.2057),欧洲人 (r ² = 0.2475) 和非洲人 (r ² = 0.1062)。综上所述，这些数据表明可能存在与具有胶质瘤易感性的TERT基因变异相关的不同因果变异和功能机制。除此之外，SNP jx2736100 和 SNP jx2853691 是TERT基因的内含子基因突变，在癌症风险早知道难点攻关课题组的研究中它们与食管癌的易感性有关；而在癌症风险早知道难点攻关课题组的研究中，癌症风险早知道难点攻关课题组发现欧洲人,东亚人和非洲人的 jx2736100 与 jx2853691 无关(所有测试的r ^{2 < 0.05)，揭示了}TERT的关系可能存在多种功能机制易患食管癌的变异体。目前的证据表明 jx10069690 T 等位基因可以触发全长TERT的共同产生的发展，并通过在TERT的内含子 4 中创建剪接供体位点进行选择性剪接，这可能通过降低端粒酶活性和端粒缩短来增加胃癌风险。此外，jx2242652 等位基因 (G > A) 可能影响端粒长度，这可能增加亚洲人患肺癌的易感性 ，而 SNP jx2736098 可能导致TERT的过表达并增加端粒酶活性，通过调节无限的细胞分裂和致癌作用来调节膀胱癌和肺癌的发展，并与糖酵解途径的激活相互作用 。先前的研究表明，包括 jx2736100 侧翼序列的内含子 2 片段证明了 ESCC 细胞系中的启动子活性，并揭示了 jx2736100 G 等位基因携带者与 ESCC 易感性的升高相关性 ，这证明了TERT的癌基因固有特征在 ESCC 中。这里需要注意的是，jx2736100 的 T 等位基因可能导致端粒长度缩短，进而增加肺癌和非癌性疾病(如慢性阻塞性肺病和特发性肺纤维化)的易感性。

CLPTM1L基因(基因 ID： 81037)编码唇裂和腭裂相关的跨膜 1 样蛋白，可引起细胞凋亡和胞质分裂 。在癌症风险早知道难点攻关课题组的研究中，强有力的证据被分配给 CLPTM1L 中的四个 SNP(jx31489,jx401681,jx402710 和 jx465498)和TERT-CLPTM1L中的一个 SNP jx4975616 。在与膀胱癌相关的两种变异中，jx401681 在东亚人 (r ² = 0.9371) 与 jx402710 具有强 LD，而在欧洲人 (r ² = 0.6624) 和非洲人 (r ^{2 ) 具有中度 LD}= 0.5961)。此外，四个 SNP(jx31489,jx401681,jx402710 和 jx465498)与肺癌有关，并且在癌症风险早知道难点攻关课题组的研究中发现，在欧洲人中，jx31489 与 jx401681 处于强 LD(r ² = 0.8145)，而处于中度 LD东亚人(r ² = 0.4785)和非洲人(r ² = 0.6131)；jx31489 在非洲人 (r ² = 0.8376) 与 jx402710 处于强 LD 中，而在东亚人 (r ² = 0.4634) 和欧洲人 (r ² = 0.6624) 中处于中度 LD；jx31489 在东亚和欧洲人中处于强 LD 与 jx465498 (r ² > 0.809) 而在非洲人中处于中度 LD (r ² = 0.6572)。此外，发现 jx401681 在东亚人(r ² = 0.9371)中与 jx402710 呈强 LD，但在欧洲人(r ² = 0.6624)和非洲人(r ² = 0.5961)中表现出中等 LD；jx401681 在欧洲人和非洲人中处于强 LD 与 jx465498 (r ² > 0.809) 而在东亚人中处于中度 LD (r ²= 0.4839)。基于所获得的结果，与膀胱癌和肺癌风险相关的四种变异的功能机制在不同的种族群体中可能不同，这部分解释了为什么发现一些变异与一个种族的癌症部位有关，但不在别人。此外，目前的证据表明，jx31489，一种CLPTM1L基因中 C 变为 A 的基因突变，可能会影响端粒长度，从而降低非吸烟者(而不是吸烟者)患肺癌的风险，因为吸烟可以抵消保护作用A 等位基因，缩短端粒长度，增强端粒酶活性 。有趣的是，jx401681 可能影响转录调控，导致CLPTM1L的过度表达基因，并增加患肺癌和皮肤癌的风险 。此外，CLPTM1L jx402710 可能通过增强Bcl-xL(一种抗凋亡Bcl2家族成员)的积累来阻断 DNA 损伤诱导的细胞凋亡，从而影响体外肺组织肿瘤发生。除此之外，SNP jx402710 可以保持端粒长度，这可以降低非吸烟者患肺癌的风险，因为 jx2736100 的保护作用在目前吸烟的膀胱癌患者中被抵消了 。此外，TERT基因中的 7 个基因突变与欧洲,亚洲和非洲人群中的CLPTM1L基因。结果表明， TERT-CLPTM1L区域的变异与特发性肺纤维化,骨髓增生性肿瘤和神经胶质瘤以及食管癌,胃癌,膀胱癌,肺癌,胰腺癌和皮肤癌的关系存在不同的致病变异和功能机制倾向。

此外，在加性模型中，13 个 SNP 与 5 个癌症风险无关。其中，8 个 SNP(jx13167280,jx2075786,jx2735940,jx2736100,jx2736109,jx2853669,jx2853677,jx2853690 和 jx7712562)与乳腺癌无关，至少 5,000 例病例和约 5,000 例在加法模型中的控制率约为 5,000 98，检测 MAF 0.20 和 86% 功率 MAF 0.10 的基因突变的 OR 为 1.15(类型 1 错误 0.05)。因此，对这 8 个高加索人乳腺癌 SNP 的样本量较小的进一步研究将无助于评估这些 SNP 的效果。

表3:TERT-CLPTM1L 的基因突变在加性模型中至少 5000 例病例和 5000 例对照的荟萃分析中显示与乳腺癌风险无关。

OR，优势比；A,腺嘌呤；C,胞嘧啶；G,鸟嘌呤；T，胸腺嘧啶。

^a主要等位基因(参考)/次要等位基因。

^b对照组中次要等位基因的频率。

事实上，癌症风险早知道难点攻关课题组的研究有几个局限性：(i)虽然对数据库进行了全面的研究，但可能遗漏了一些出版物，以及基因型数量等数据不足的基因解码原始数据，这可能导致对其他方面的评估不完整恶性肿瘤(淋巴瘤,胆囊癌,宫颈癌等)和非癌症疾病(慢性乙型肝炎,阿尔茨海默病,糖尿病等)；(ii) 由于使用了搜索方法(仅搜索英文基因解码原始数据)，可能会发现潜在的发表偏倚；(iii) 由于仅对肺癌,特发性肺纤维化和骨髓增生性肿瘤进行了根据种族和部分病理/临床亚型的亚组分析，因此基于病理类型等亚组的进一步分析，可能需要基因-基因或基因-环境的关联和相互作用来确认或反驳与癌症和非癌症疾病风险的相关性；(iv) 具有癌症和非癌症风险的变异的潜在偏倚可以通过威尼斯标准进行评估；但是，无法评估不合理的数据，例如基因型错误；(v) 基于基因突变的次要等位基因进行荟萃分析；因此，由于荟萃分析中的固有因素​​，可能会发现某些变异的保护性关联(例如，jx2736100 和 jx2853676 可以降低胶质瘤,骨髓增生性肿瘤和肺癌的风险，而 jx401681 可以降低膀胱癌的风险)。鉴于，

总之，在癌症风险早知道难点攻关课题组的研究中，确定了TERT-CLPTM1L基因中的 12 个基因突变被评为揭示与八种癌症和一种非癌症疾病风险显着相关的有力证据。此外，癌症风险早知道难点攻关课题组的研究为进一步证明TERT-CLPTM1L基因的变异与特发性肺纤维化,骨髓增生性肿瘤,神经胶质瘤,食管癌,胃癌,膀胱癌,肺癌,胰腺癌和皮肤癌的风险相关提供了基础。癌症。除此之外，还强调了TERT-CLPTM1L区域在人类疾病病因学中的关键作用。