【佳学基因检测】这个人不怕疼，原来是这个病，很危险：基因检测案例介绍

基因检测导读：

患者是一名46岁女性，约在5岁时出现右踝关节畸形。成年后，她还经历了腰椎压迫和膝关节损伤。尽管接受了大量评估，但始终未能得到明确的诊断。由于她的症状缺乏许多CIPA的常见临床表现，评估的重点集中在其无法解释的关节畸形上。外显子组测序结果显示，NTRK1基因中存在已知的致病变异（c.851-33T > A.? [内含子7]）和一个新的变异（c.1483+5G > A.? [内含子11]），后者随后被重新归类为可能致病。鉴于患者的关节畸形可能与炎症有关，因此开始使用生物制剂抗风湿药物（bDMARD）。通过分子诊断，我们得以调整她的治疗和监测策略。深度基因解码码采用实验小基因剪接试验显示，c.1483+5G > A变体的存在对剪接有负面影响，这为该新变体的致病性提供了支持。

关键词：

夏科关节、先天性痛觉缺失症和无汗症、诊断历程、IV型遗传性感觉和自主神经病变、NTRK1、罕见疾病

致病基因鉴定基因检测病例介绍

一名46岁的女性因特发性夏科关节和长期右踝关节疼痛及畸形的病史而前来就诊，病史始于5岁（见图1A、B）。她足月出生，出生参数正常，没有发育迟缓或智力障碍。她已完成本科学位，并且生活完全独立。自首次出现右踝关节畸形以来，她在多家儿童医院接受了广泛评估，但未能确诊。

图1：展示了患者夏科关节的代表性照片和X光片。（A）患者右踝关节的照片（左）及同一关节的X光片（右）。（B）患者左膝的照片（左）及同一膝关节的X光片（右）。（C）患者腰椎压缩性骨折的X光片。

患者回忆起接种疫苗后曾因疼痛而哭泣，童年时也因疼痛摔倒。如今，她在接种疫苗或意外撞到脚趾时仍能感到疼痛。在牙科手术中，尤其是在接受局部麻醉注射时，她能感受到疼痛。关于她的嘴唇、舌头或指尖自残的情况并没有相关报道。由于散光，她定期进行眼科检查，但不记得有角膜炎或其他眼部疾病的历史。她也未曾感染金黄色葡萄球菌。

在她30多岁时，患者曾报告失去平衡并听到背部发出咔嚓声，然而这次事件并没有明显的疼痛感。对她的脊柱进行了影像学检查，包括X光、计算机断层扫描（CT）和磁共振成像（MRI），发现L3-L4处有病变，可能是椎间盘炎，并伴有腰椎压缩性骨折（见图1C）。初步诊断为感染性，但未发现感染的具体病因。她的下背部有后凸，而正常情况下应为前凸。

在44岁时，患者出现了左膝肿胀和疼痛，且没有已知的诱发事件（见图1B）。经过骨科评估，发现她有大量关节积液和膝关节的破坏性改变，诊断时并未抱怨疼痛。随后，她接受了骨科肿瘤科的评估，并进行了关节镜活检，结果显示慢性反应性炎症，具体病因仍不明。患者还进行了广泛的感染评估，包括两次穿刺，但未发现感染源。

此外，患者还接受了神经科评估，以确定症状是否由潜在的神经病因引起。评估中一个显著的发现是，她的双脚趾失去振动感，双侧内踝、双侧髌骨和食指远端指间关节（DIP）感觉减退。肌电图显示腕部有轻度双侧正中神经病，肘部则有左尺神经单神经病。这些发现符合早期轻度感觉运动性多发性神经病，但不足以解释她的关节畸形。在神经科评估期间，未完成定量感觉测试。由于关节病变，患者在医疗过程中接受了多次风湿病学评估。她的风湿病学实验室检查结果显示炎症标志物升高（见表1）。基于这些发现及对炎性单关节炎的担忧，她开始每周接受一次阿达木单抗的经验性治疗。虽然她的血清炎症标志物（C反应蛋白和沉降率）有所改善（见表1），但她的膝关节不适、功能或肿胀并未得到改善。

随后，患者被转诊至佳学基因临床医学检验实验室。她的评估通过虚拟访问完成，因此未进行感觉检查。在访问结束后，她同意进行外显子组测序的种系遗传检测，最初仅作为先证者进行。外显子组测序确定了NTRK1基因的c.851-33T>A.?（内含子7）变体，报告显示该变体是致病的。此外，还发现NTRK1基因的第二个变体c.1483+5G>A.?（内含子11），该变体最初被报告为意义不明确。在本报告之前，尚未在诊断为CIPA的患者中发现这种变体。

根据ACMG（Richards等，2015年）提供的通用解释指南，这个变体最初被归类为意义不明确，并获得了PM2和PP3的支持证据。ClinVar数据库中只有一个条目，而gnomAD数据库中没有该条目。使用计算模型预测剪接的影响后，发现MaxEntScan（我们患者中发现的变异）对剪接具有有害影响，这进一步支持了她被诊断为CIPA（PP3）。鉴于患者表现出的症状疑似为CIPA，因此提供了父母的样本以确定已发现变异的遗传来源，并进一步确认其常染色体隐性遗传特征。

对她父母样本的评估结果显示，c.851-33T>A变异来自母系，而c.1483+5G>A变异则来自父系（见图2）。此时，来自她父亲的第二个变异已被重新归类为可能致病，并获得PM3和PP4的额外证据。

图2：先证者家族的谱系

由于c.1483+5G>A变异此前尚未报道，我们进一步研究了这种变异是否对剪接有有害影响。我们生成了一个包含NTRK1基因外显子8至外显子13的参考序列的小基因，并将其克隆到哺乳动物表达载体中（见图3A）。此外，我们还生成了一个含有患者中发现的变异的第二个小基因构建体（见图3A）。小基因报告检测显示，当转染到293T细胞中时，与参考序列相比，存在c.1483+5G>A变异时，正确剪接的转录本显著减少（见图3B）。小基因剪接试验结果表明，在我们的先证者中发现的变异可能导致体外可变剪接和剪接效率降低，这表现为与参考序列相比，转录本较小且未剪接的RNA产物水平增加（见图3B）。
 

为检测我们先证者中发现的新型NTRK1剪接变体的剪接缺陷而开发的微基因报告检测法。（A）微基因表达载体示意图（未按比例绘制）。（B）用于检测剪接变体的微基因剪接检测的代表性电泳凝胶。

表 1.在患者评估期间获得的炎症标志物显著表现为 ESR 和 CRP 轻度升高。

为什么要做致病基因鉴定基因解码基因检测？

本文介绍的案例中的受检者是一位46岁女性，她最初在右踝关节出现多个夏科氏关节，随后病情发展至多个关节。由于多位专家的评估未能明确诊断，她被转诊至佳学基因医学检测实验室，最终在NTRK1基因中发现了复合杂合致病变异，符合CIPA的诊断。

这是一个成年期诊断出CIPA的特殊病例，突显了该病表型的多样性，这可能是导致诊断延迟的原因之一。常见的特征包括痛觉受损、温度感知受损、无汗症、自主神经系统受损和智力障碍。然而，我们的患者在疼痛刺激上保持感觉，在45岁首次进行神经系统评估时，针刺感保留。约一年后，随后的评估显示双侧足底和指尖的针刺感有所减弱。尽管她报告有痛觉，但由于存在多个夏科关节，痛觉可能严重减弱。患者确实有无汗症，但其严重程度尚不清楚。到目前为止，她没有出现需要治疗或评估的复发性发热。此外，患者没有霍纳综合征的迹象，尽管尚未进行全面的自主神经功能评估。大多数CIPA患者报告不同程度的智力障碍，这可能有助于诊断。但她自出生以来未曾出现智力障碍，毫无困难地完成了本科学位，并独立从事有挑战性的职业。虽然她的一些临床表现暗示CIPA，但最引人注目的表现是她的夏科关节，这可能导致诊断延迟，因为临床评估主要集中在她的关节畸形上。

她的临床表型似乎比之前报道的CIPA病例轻，可能是因为她的两种变体都是剪接变体。这些剪接变体可能导致原肌球蛋白受体激酶A（TrkA）表达降低，但TrkA的残余功能得以保留。我们的实验显示，在c.1483+5G>A变异存在时，正确剪接的RNA显著减少，表明先证者的转录本表达可能减少（见图3B）。尽管由于所用检测方法的性质，我们无法量化这种减少程度。此外，由于我们无法测量该患者的蛋白质表达，因此尚不清楚RNA剪接的减少对TrkA蛋白表达的影响。

我们回顾了有关NTRK1 c.851-33T>A致病变异的患者文献。尽管报告的数据有限，但大多数患有此变异的患者都具有CIPA中描述的典型临床表型，尽管有些病例表现较轻。这种变异性可能与患者携带的第二种变异有关。然而，对于报告中变异纯合的患者，其临床表型存在差异，表明可能存在其他因素调节病情的严重程度。

在这里，我们在一名具有非典型CIPA临床特征的患者中发现了NTRK1基因中的一种新的可能致病变异。最初，由于缺乏分离研究，该变异被归类为意义不明确，因为之前在CIPA患者中未见该变异。目前，ClinVar数据库中仅有一个记录，且该条目是在我们患者发现相同变异之前输入的。该变异在gnomAD数据库中也未见报道。通过计算模型预测对剪接的影响，发现MaxEntScan（我们患者中发现的变异）对剪接具有有害影响，支持了她的CIPA诊断。

尽管诊断技术不断进步，罕见病患者的评估仍存在大量未满足的需求。本案例强调了对未确诊疾病的成年患者进行遗传学转诊的重要性，也凸显了利用外显子组或基因组测序进行全面诊断评估的必要性。据报道，罕见病患者经历诊断的平均时间通常为4至5年，甚至有患者长达20年未被确诊。在本病例中，由于早期分子检测的可用性有限，导致了长达40年的诊断历程，并经历了多位专家的评估。罕见病患者不仅面临漫长的诊断过程，还可能遭遇误诊，导致无临床益处的治疗或手术。在此案例中，患者成年后至少接受过两次膝关节穿刺，结果均为阴性。由于最初的疑似诊断和实验室检查支持炎性关节炎，因此尝试使用阿达木单抗并非不合理，但长期使用可能带来严重副作用，导致不良事件。

目前，尚无针对CIPA的治疗方案。然而，在为该患者确诊后，我们能够改变医疗管理，以避免无效治疗可能造成的未来医源性伤害。在我们的病例中，准确的诊断减少了患者的随访、实验室监测、药物负担和经济压力。尽管炎症标志物升高，但广泛评估表明CIPA患者的夏科关节与炎症细胞因子无关（表1和S1）。使用DMARD治疗患者的夏科关节无效，尽管可能略微改善相关的反应性炎症，但炎症标志物的减少就是证据。