【佳学基因检测】神经内分泌前列腺癌的长链非编码 RNA 基因检测及其临床意义

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根据前列腺基因检测项目的划分及其检测位点，肿瘤基因检测项目分析和体会《PLoS Pathog》在 2021 Nov; 17(11): e1010088发表的一篇题目为《神经内分泌前列腺癌的长链非编码 RNA 及其临床意义》肿瘤致病基因鉴定及靶向药物靶点选择基因检测临床研究文章。该研究由Akhila Bettadapur, Formal analysis, Investigation, Visualization, Writing – original draft,  Samuel S. Hunter, Data curation, Formal analysis, Software, Visualization, Writing – original draft,  , ¤a Rene L. Suleiman, Formal analysis, Investigation, Visualization,  Maura C. Ruyechan, Formal analysis, Investigation,  Wesley Huang, Formal analysis, Investigation,  Charles G. Barbieri, Formal analysis, Investigation,  , ¤b Hannah W. Miller, Formal analysis, Investigation, Visualization,  Tammie S. Y. Tam, Investigation,  Matthew L. Settles, Resources, Supervision,  , ¤c and Katherine S. Ralston, Conceptualization, Formal analysis, Funding acquisition, Investigation, Project administration, Supervision, Visualization, Writing – original draft  ,等完成。用临床及基础科研数据详细分析了长链接非编码RNA基因检测对前列腺癌致病基因及药物靶点寻找的临床意义。

前列腺靶向药物及精准治疗临床研究内容关键词：

神经内分泌前列腺癌,转分化,小细胞癌,长链非编码RNA

前列腺癌肿瘤靶向治疗基因检测临床应用结果

背景：治疗诱导的神经内分泌前列腺癌 (tNEPC) 是晚期转移性去势抵抗性前列腺癌的一种侵袭性变体，通常通过神经内分泌转分化 (NEtD) 发生。治疗选择有限、无效，并且对于大多数患者而言，会在不到一年的时间内导致死亡。我们之前开发了 NEtD 的第一个现场患者衍生异种移植 (PDX) 模型。该模型的纵向深度转录组分析能够监测 NETD 期间和雄激素剥夺情况下的动态转录变化。长链非编码 RNA (lncRNA) 与癌症有关，它们可以控制基因调控。到目前为止，尚未探索 NETD 期间 lncRNA 的表达及其临床关联。结果：我们实施了下一代序列分析管道，可以检测低表达水平的转录本，并建立了 lncRNA 的全基因组目录 (n = 37,749)。我们将该管道应用于 927 个临床样本和我们的高保真 NETD 模型 LTL331，并在 NEPC 中鉴定了 821 个 lncRNA。其中有 122 个 lncRNA，可将 NEPC 与前列腺腺癌 (AD) 患者肿瘤区分开来。该特征中表达最高的 lncRNA 是 H19、LINC00617 和 SSTR5-AS1。另外 742 个与 NEtD 过程相关，在我们的 PDX 模型和临床样本中属于四种不同的表达模式（NEtD lncRNA I、II、III 和 IV 类）。每个类别在其序列中对转录因子结合位点 (TFBS) 基序具有显着性（z-scores >2）和独特的富集。富集的 TFBS 包括 (1) I 类中的 TP53 和 BRN1，(2) II 类中的 ELF5、SPIC 和 HOXD1，(3) III 类中的 SPDEF，(4) IV 类中的 HSF1 和 FOXA1，以及 (5) TWIST1，当将 III 类与 IV 类合并。还鉴定了所有 NETD lncRNA 中的常见 TFBS，包括 E2F、REST、PAX5、PAX9 和 STAF。对根治性前列腺切除术腺癌样本中最放松管制的候选者（n = 100）进行的长期随访（中位时间为 18 年）的询问揭示了显着的临床病理学关联。具体来说，我们确定了 25 个与雄激素剥夺治疗 (ADT) 后快速转移相关的疾病。其中两个 lncRNA（SSTR5-AS1 和 LINC00514）根据患者结果对接受 ADT 的患者进行分层。讨论迄今为止，尚未对 NETD 过程中 lncRNA 的动态景观进行全面表征。基于 PDX 的 NETD 模型的时间分析首次提供了这种动态环境。 TFBS 分析确定了 NEtD lncRNA 序列中存在的与 NEPC 相关的 TF 基序，表明这些 lncRNA 在 NEPC 发病机制中的功能作用。此外，选择的 NEtD lncRNA 似乎与转移和接受 ADT 的患者有关。治疗相关的转移是 NEPC 肿瘤的临床后果。本研究中确定的顶级候选 lncRNA FENDRR、H19、LINC00514、LINC00617 和 SSTR5-AS1 与 NEPC 的发展有关。我们在这里首次展示了一个全基因组的 NEtD lncRNA 目录，这些目录表征了转分化过程和强大的 NEPC lncRNA 患者表达特征。为此，我们进行了最大的综合研究，将 PDX NETD 模型应用于临床样本。这些 NEtD 和 NEPC lncRNA 是临床生物标志物和治疗靶点的有力候选者，值得进一步研究。关键词：神经内分泌前列腺癌，转分化，小细胞癌，长链非编码 RNA

神经内分泌型前列腺癌发生与复发转移国际数据库描述：

 neuroendocrine prostate cancer, transdifferentiation, small cell carcinoma, long non-coding RNA