【佳学基因检测】肿瘤基因检测中的下一代测序（NGS)全基因组基因检测（WGS)

肿瘤基因检测导读：

佳学基因肿瘤基因检测总结了各种基因组分析平台（DNA芯片，针对100种基因的目标测序，WES，RNA-Seq和WGS）可检测的突变及其正确性与敏感性。WES分析通过液体杂交，微阵列捕获或PCR扩增捕获大约占人类基因组1% - 2%的容量约为50 Mb的主要编码蛋白的外显子，并通常对每个样本进行大约100倍的测序深度，这比测序深度为30倍的WGS更正确，因为NGS检测突变的正确性和灵敏度主要取决于测序深度。然而，在实际应用过程中会有一些捕获偏差，例如，检测复杂或重复的基因区域以及非目标区域存在困难。另一方面，WGS在技术上比较简单。肿瘤患者的DNA分子采用物理技术进行剪切，并产生具有特定长度的随机断裂片段。肿瘤全基因组基因检测通常对患者的全部基因组中的癌症基因序和正常基因组的健康基因组进行30-50倍的测序深度全测序，每个样本产生90-150 Gb的数据，覆盖整个人类基因组序列的99%。常见的NGS技术读取一个500-600 bp DNA片段的两端的100-150 bp，但NGS的WGS仍然依赖于PCR，有PCR偏差，使得GC富集或AT富集区域难以测序。肿瘤基因检测基因解码贼近推出了PCR免疫测序方案，该方案显示出较少的GC偏差，比PCR实验方案更全面，尽管数微克 DNA以制备测序文库。当前第二代NGS技术（Illumina SBS技术）对肿瘤瘤检测正确度与全面性进行影响响的一相因素是其短读长（100-250 bp）。佳学基因解码分析表明约50%的3 Gb人类基因组被其50%的重复区域和假基因占据。在测序后的生物信息分析过程，部分基因检测机构所采用的测序技术获得的短序列需要与人体基因组的标准或者参照序列进行比对时，会出现难以避免的比对错误。导致肿瘤突变序列检出错误。肿瘤基因解码中的测序技术系列中的PacBio SMART单分子测序和纳米孔测序等第三代NGS技术可以产生10 kb及以上的读取，没有PCR偏差，促进了人类WGS全基因组肿瘤基因检测的分析检测技术。然而，这些长读长肿瘤基因检测技术在每次DNA序列的读取过程中都会有较高的错误率（5%及以上），而且基因解码所采用的长读长技术以获取肿瘤全基因组测序结果相对于许多基因检测机构、患者和临床医生来说，仍然过于昂贵。

在肿瘤基因检测中，为什么要增加基因测序的范围？

在肿瘤基因检测中，增加基因测序的范围有以下几个原因：

1. 发现新的致病基因：随着科学研究的不断进展，新的致病基因不断被发现。通过增加基因测序的范围，可以发现更多与肿瘤相关的致病基因，从而提高肿瘤的诊断和治疗正确性。

2. 提高检测灵敏度：肿瘤是一种高度异质性的疾病，不同肿瘤细胞中可能存在不同的致病基因变异。通过增加基因测序的范围，可以更全面地检测肿瘤细胞中的基因变异，提高检测的灵敏度，减少漏诊和误诊的风险。

3. 个体化治疗：肿瘤基因检测的目的之一是为了个体化治疗。通过增加基因测序的范围，可以获得更多关于肿瘤细胞的遗传信息，从而为患者提供更正确的个体化治疗方案。例如，可以根据基因变异的类型选择特定的靶向治疗药物，提高治疗效果。

4. 科学研究的需要：增加基因测序的范围可以为科学研究提供更多的数据和资源。通过对更多基因的测序，可以深入研究肿瘤的发生机制、基因变异的影响以及新的治疗靶点，为肿瘤的治疗提供更为有效的方案。
 

肿瘤检测中的长读长技术和短读长技术分别有什么优缺点？

长读长技术和短读长技术是在肿瘤检测中常用的两种测序技术。

长读长技术（Long-read sequencing）：

优点：

1. 能够读取较长的DNA序列，通常可以读取数千到数万个碱基对。

2. 可以检测到较大的结构变异，如基因重排、插入、缺失等。

3. 适用于复杂基因组的测序，如人类基因组。

4. 可以提供更正确的序列重建和基因组装。

缺点：

1. 测序成本较高，通常比短读长技术更昂贵。

2. 测序过程较为复杂，需要更多的样本处理和数据分析。

3. 测序错误率较高，可能导致较多的测序错误。

短读长技术（Short-read sequencing）：

优点：

1. 测序成本较低，通常比长读长技术更经济。

2. 测序过程相对简单，样本处理和数据分析较为方便。

3. 测序错误率较低，通常比长读长技术更正确。

缺点：

1. 读取的DNA序列较短，通常只能读取几十到几百个碱基对。

2. 对于复杂基因组的测序和结构变异的检测能力较弱。

3. 在序列重建和基因组装方面可能存在一定的困难。

综上所述，长读长技术适用于复杂基因组和结构变异的检测，但成本高且测序错误率较高；短读长技术成本低、正确性高。
 

肿瘤基因解码基因检测为什么选择长读长基因测序技术？

选择长读长基因测序技术进行肿瘤基因解码基因检测有以下几个原因：

1. 能够检测到更多的基因变异：长读长基因测序技术可以读取更长的DNA序列，从而能够检测到更多的基因变异，包括点突变、插入缺失、基因重排等。

2. 提高检测正确性：长读长基因测序技术具有较高的正确性，可以减少测序错误率，从而提高基因检测的正确性。

3. 识别复杂基因变异：肿瘤基因中存在一些复杂的基因变异，如基因融合、基因剪接等，长读长基因测序技术可以更好地识别和解析这些复杂的基因变异。

4. 提供更全面的基因信息：长读长基因测序技术可以提供更全面的基因信息，包括基因的外显子、内含子、启动子等区域的测序数据，从而能够更全面地了解肿瘤基因的变异情况。

综上所述，选择长读长基因测序技术进行肿瘤基因解码基因检测可以提高检测的灵敏性、正确性和全面性，从而更好地指导肿瘤的诊断和治疗。